

داستان در مورد پسری به نام ایسوکایه که دبیرستانیه. در روز آخر تعطیلات بهاری شهری که ایسوکای زندگی میکنه بر اثر یک انفجار خیلی بزرگ از بین میره که ایسوکای در اون لحظه یک دختر زره پوش رو جلوی خودش میبینه.خواهر ایسوکای که به اسم کاتوری هست به ایسوکای میگه که این دختر برای خرابکاری آفریده شده و اون یک روحه به نام اسپیرت و هر زلزله ای که تو دنیا میشه زیر سر این دختره هست خود کاتوری هم این حقیقت رو فاش کرده که خودش فرمانده ی یکی از فرماندهان سازمان های ضد روحه به اسم راتاتوسکه و از شیدو میخواد که برای مدتی با اون دختر قرار بزاره. درخواست اون از شیدو اینه که اون ازش نمیخواد که دختره رو کاریش کنی فقط میخواد که عشق واقعی رو حس کنه و...

کنجی کویسو دانش آموز نابغه ریاضی،کاری را برای تابستان خود در شهر زادگاه عشقش ناتوسکی می پذیرد.پس از رسیدن،او متوجه می شود که خانواده اش برای جشن گرفتن تولد نود سالگی مادربزرگ خانواده دور هم جمع شده اند.او باید تظاهر کند نامزد ناتوسکی است در حالیکه بر روی یک معادله ریاضی کار می کند و...


دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.