یک نفر به سیستم لاجیکوماس نفوذ می کند و باتو از مامور سابق ارتش کمک می گیرد تا به این مشکل رسیدگی کند...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...
به دنبال جنگ جهانی دوم، یک پروفسور بازنشسته که به روزهای انتهایی زندگی خود نزدیک می شود زندگی خود را در توکیوی جنگ زده دچار تغییر می بیند. او که ناامیدی اش را انکار می کند به نویسندگی روی آورده و تولدش را به همراه دانشجویانش جشن می گیرد...
