
داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...


مرد کلاهبرداری به نام "ماریوس جوسیپوویک" به خاطر نپرداختن بدهیاش به تبهکاری خطرناک در حال فرار است. او برای بدست آوردن سرپناهی امن خود را به عنوان "پیت"، زندانی همبندش جا میزند و به خانوادهی مادری از هم پاشیدهی پیت میپیوندد. خانوادهای پر هیجان و نامتعارف که ممکن است پای او را به خطراتی باز کنند که سعی در فرار از آن را دارد و شاید در این مسیر بتواند صاحب خانوادهای مهربان شود که تابحال هرگز مزه آنرا نچشیده...


باری دیگر در نقش قدیمی اش بنام مامور Phil Coulson حضور خواهد داشت و وی افرادی را از سراسر جهان برای حضور در گروهی ویژه بنام S.H.I.E.L.D جمع اوری می کند . این گروه در مورد نیرو های ناشناس ، تاریک و فراطبیعی تحقیق می کند و همچنین از مردم عادی در برابر غیر عادی ها حفاظت می کند . گروه ماموران Phil Coulson شامل افرادی مانند مامور Grant Ward بطور ویژه اموزش دیده در زمینه های جاسوسی و رزمی ، مامور Melinda May خلبان متخصص و هنرمند رزمی ، مامور Leo Fitz یک مهندس به تمام معنا و در اخر مامور Jemma Simmons یک نابغه در زمینه های شیمی و زیست شناسی ، می باشند . در این گروه نابغه ها و بهترین ها یه همکار جدید نیز بنام Skye هم حضور دارد که وظیفه ی هکری و مدیریت کامپیوتر ها را برعهده دارد...