داستان با قتل دختری به نام "لاورا پالمر" که در شهر آرام "توین پیکس" زندگی می کند آغاز می شود . اهالی این شهر از این قتل شگفت زده می شوند و کلانتر شهر از "دال کوپر" کار آگاه FBI برای کشف راز قتل کمک می خواهد ، وقتی "کوپر" تحقیقات خود را برای پیدا کردن قاتل آن دختر آغاز می کند به مسائل مشکوکی بر خورد می کند و اینطور بنظر می رسد همه اهالی رازی را از او مخفی می کنند که او می بایست این راز را کشف کند .
پایگاه Presidio، یک ساختمان عظیم نظامی در سن فرانسیکو، یک پلیس نظامی که به صورت غیر مجاز در مورد باشگاه افسران تحقیق می کند، به دست دزدان کشته می شود. «بازپرس جی آستین» (هارمن) پلیسی که به دلیل لقدام برای بازداشت یک افسر، از ارتش اخراج شده، به پرسیدیو باز می گردد و دشمنی کهنه اش را با فرمانده ی سابقش «سرهنگ دوم آلن کالدول» (کانری) از سر می گیرد و …
پروژه فیلادلفیا، نام پروژه ای است که سازمان های مخفی دولتی در آن سعی می کنند که پروژه مربوط به جنگ جهانی دوم در مورد پنهان سازی ادوات جنگی را مجددا احیا کنند...
