
یک ویروس کشنده به نام مدوزا در سراسر جهان همه گیر میشود. به منظور فرار از این ویروس کشنده تعداد انگشت شماری از مردم انتخاب می شوند و در کپسول هایی به منظور درمان در آینده قرار داده می شوند. کازومی یک دختر جوان یکی از ۱۶۰ نفری است که برای این منظور انتخاب شده و در داخل یک قلعه باستانی به خواب مصنوعی درون کپسول ها فرو برده میشود و...


دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.